ส่วนประกอบของโลกเกินกว่าครึ่งคือน้ำ สำหรับสิ่งมีชีวิตมีน้ำเป็นส่วนประกอบและช่วยหล่อเลี้ยงชีวิต จึงกล่าวได้ว่าน้ำเป็นทรัพยากรที่สำคัญที่สุดของสิ่งมีชีวิต ยิ่งเป็นสิ่งมีชีวิตที่อาศัยอยู่ตามแหล่งน้ำและใกล้เคียง คุณภาพของน้ำมีส่วนสำคัญต่อการดำรงชีพอย่างมาก
ระบบนิเวศสัตว์น้ำแบ่งออกตามลักษณะของน้ำ ได้แก่ น้ำจืด, น้ำเค็ม และน้ำกร่อย โดยใช้ค่าความเค็มเป็นตัวกำหนด เช่น แหล่งน้ำจืดต้องมีเกลือน้อยกว่า 1 เปอร์เซ็นต์ แหล่งน้ำเค็มมีเกลือประมาณ 3.5 เปอร์เซ็นต์ ส่วนแหล่งน้ำกร่อยมีค่าความเค็มค่อนข้างกว้าง แปรผันในรอบวัน
เมื่อระบบนิเวศหมายถึงหน่วยพื้นที่หนึ่งประกอบด้วยสังคมของสิ่งมีชีวิตกับสิ่งแวดล้อมทำหน้าที่ร่วมกัน ระบบนิเวศสัตว์น้ำจึงเป็นพื้นที่หนึ่งที่สัตว์น้ำจำนวนมากกำเนิด อาศัยอยู่ เติบโต และดำรงชีวิต กรมชลประทานซึ่งมีหน้าที่ดูแลทรัพยากรน้ำจึงเป็นฟันเฟืองชิ้นสำคัญต่อการขับเคลื่อนการดูแลระบบนิเวศสัตว์น้ำให้อุดมสมบูรณ์
ถ้าสังเกต บริเวณใดไม่มีอ่างเก็บน้ำ เมื่อหมดฤดูฝนไปแล้ว มักจะพบปัญหาน้ำแล้ง เมื่อน้ำแห้งคงจะกระทบต่อระบบนิเวศสัตว์น้ำ เช่น ปัจจุบันแม่น้ำยมไม่มีเขื่อนใหญ่ หน้าแล้งในลำน้ำยมน้ำจึงแห้ง แถบจังหวัดแพร่ สุโขทัย มาจนถึงพิจิตร ประสบปัญหาเดียวกัน คือแล้งกระทั่งแม่น้ำกลายเป็นทางดิน เดินข้ามไปมาได้
นายมหิทธิ์ วงศ์ษา นักวิชาการสิ่งแวดล้อมชำนาญการ (ส่วนสิ่งแวดล้อม) สำนักบริหารโครงการ กรมชลประทาน กล่าวถึงเรื่องนี้ว่าภัยแล้งกระทบต่อระบบนิเวศสัตว์น้ำค่อนข้างมากถึงขั้นเสียหาย เหตุผลของการสร้างอ่างเก็บน้ำอย่างหนึ่งคือเพื่อรักษาระบบนิเวศนี้ไว้
“การสร้างอ่างเก็บน้ำจะมีการคำนวณปริมาณน้ำ ที่เรียกว่าปล่อยมาเพื่อรักษาระบบนิเวศ ฉะนั้นที่ไหนที่มีอ่างเก็บน้ำ จะมีน้ำที่ปล่อยมาเพื่อใช้ด้านการเกษตร ใช้เพื่ออุปโภคบริโภค และเพื่อรักษาระบบนิเวศ ให้มีน้ำอยู่ในลำน้ำตลอดทั้งปี พอมีน้ำตลอดทั้งปี ปลาก็อยู่ได้ แพลงก์ตอน สัตว์หน้าดิน กุ้งหอยปูปลา สัตว์น้ำและพืชน้ำอยู่ได้”
การสร้างอ่างเก็บน้ำต้องอาศัยหลักวิชาการมากมาย การคำนวณเพื่อให้น้ำอยู่ในระดับเหมาะสม เพียงพอต่อการใช้ด้านต่างๆ ตลอดทั้งปี